四年前,一颗陨石坠落至极地,从中诞生出DNA神奇宝贝-代欧奇希斯,居住在大气层的天空神奇宝贝-裂空坐,因而认为代欧奇希斯侵略它的领域,双方展开了一场激战。最后,裂空坐打败了代欧奇希斯,代欧奇希斯的核心沉到了海里,伦多博士正好带着他的助手优子及儿子小超来此地考察,目睹了这一切,并带走了另一个还留在陨石内没有复活的代欧奇希斯的核心。小超从此变得很害怕神奇宝贝。四年后,小智等人为了挑战对战塔,造访了小超居住的高科技城市-拉鲁斯市。在阴错阳差下,小超被误当成挑战者和小智一起被送上竞技场。就在同时,代欧奇希斯又完全复原,它依据其同伴所发出的信号,来到了拉鲁斯市。双方的大战一触即发....
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